Pratique

Congé maladie: comment déclarer le salaire d'un collaborateur?

Service juridique FER CIAM
Publié mardi 18 novembre 2025
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#FER CIAM Mon collaborateur est en maladie: comment dois-je déclarer son salaire si je continue à le payer à 100%?

Quel est le régime légal suisse?

En vertu de l'article 324a du Code des obligations suisse (CO), si le travailleur est empêché de travailler sans faute de sa part pour des causes inhérentes à sa personne, telles que maladie, accident, accouchement, accomplissement d'une obligation légale ou d'une fonction publique, l'employeur lui verse l’entier de son salaire pour un temps limité, y compris une indemnité équitable pour le salaire en nature perdu, dans la mesure où les rapports de travail ont duré plus de trois mois ou ont été conclus pour plus de trois mois.

Sous réserve de délais plus longs fixés par accord, contrat-type de travail ou convention collective, l’employeur paie pendant la première année de service le salaire de trois semaines et, ensuite, le salaire pour une période plus longue fixée équitablement, compte tenu de la durée des rapports de travail et des circonstances particulières. C’est ainsi que le législateur définit cette notion de « temps limité ».

Quand une personne salariée tombe malade, elle est donc en droit de continuer à percevoir son salaire. Si rien de spécifique n’a été prévu dans le contrat de travail, l’article 324a CO prévoit une obligation pour l’employeur de continuer à verser le salaire. C’est ainsi que sont nées les échelles dites de Berne, de Bâle et de Zurich, qui règlent la durée de versement du salaire en fonction de celle du rapport de travail.

Si, en tant qu’employeur, vous avez souscrit, sur la base d’un accord écrit, d’un contrat de travail type ou d’une convention collective, une assurance d’indemnités journalières pour votre entreprise, vous êtes libéré de l’obligation de verser le salaire pour autant que des prestations au moins équivalentes à celles du régime légal de base soient octroyées à votre personnel. C’est ce qu’on appelle le régime dérogatoire. Le système prévoit que l’assurance perte de gain doit être financée à part égales entre l’employeur et l’employé, que les indemnités doivent couvrir en tous cas 80 % du salaire et que la durée minimale d’indemnisation soit de 720 jours sur une période de 900 jours. Enfin, l’indemnisation doit intervenir après un délai de carence de 2 ou 3 jours au plus.

Qu’en dit l’AVS?

Pour l’employeur

Aux termes de l’art. 14 al. 1 LAVS, les cotisations perçues sur le revenu provenant de l’exercice d’une activité dépendante doivent être retenues lors de chaque paie et être versées périodiquement par l’employeur en même temps que la cotisation de l’employeur.

Le salaire déterminant, au sens de l'art. 5 al. 2 LAVS, comprend toute rémunération pour un travail dépendant, fourni pour un temps déterminé ou indéterminé. Font partie du salaire déterminant, par définition, toutes les sommes touchées par le salarié, si leur versement est économiquement lié au contrat de travail ; peu importe, à ce propos, que les rapports de service soient maintenus ou aient été résiliés, que les prestations soient versées en vertu d'une obligation ou à titre bénévole.

On considère donc comme revenu d'une activité salariée soumise à cotisations non seulement les rétributions versées pour un travail effectué, mais en principe toute indemnité ou prestation ayant une relation avec les rapports de travail, pour autant qu'elle ne soit pas exonérée de cotisations en vertu de dispositions légales expresses. En d'autres termes, tous les revenus en lien avec des rapports de travail et qui n'auraient pas été perçus sans ces rapports entrent dans la définition du salaire déterminant.

Cette règle a des exceptions. Le règlement d’application de la LAVS prévoit expressément à son article 6 al. 2 lettre b que « Ne sont pas comprises dans le revenu provenant d’une activité lucrative les prestations d’assurance en cas d’accident, de maladie ou d’invalidité (à l’exception des indemnités journalières selon l’art. 25 de la loi fédérale du 19 juin 1959 sur l’assurance-invalidité (LAI) et l’art. 29 de la loi fédérale du 19 juin 1992 sur l’assurance militaire».

Ainsi, les prestations des caisses-maladie reconnues par la Confédération selon la LAMal, des compagnies privées d’assurances soumises à la loi du 17 décembre 2004 sur la surveillance des assurances (LSA) ainsi que des institutions d’assurances de droit public (caisses publiques, SUVA) ne font pas partie du salaire déterminant.

Il en résulte qu’aucune déduction sociale ne doit être faite au niveau de la déclaration à l’AVS en ce qui concerne les indemnités journalières perte de gain maladie. Toutefois, si votre entreprise continue de verser le salaire dans son intégralité et qu’elle perçoit et conserve les indemnités journalières perte de gain maladie, les cotisations sociales ne doivent être prélevées que sur la part qui complète les indemnités (soit 20 % quand les indemnités journalières perte de gain maladie couvrent le 80% du salaire),. Lors de la déclaration du montant du salaire annuel aux différentes assurances sociales (AVS, LAMal), il faut ainsi garder en mémoire que les indemnités journalières versées à la personne en cas de perte de gain maladie ne doivent pas être déclarées comme du salaire et ne sont pas soumises à cotisations sociales.

L’employeur qui verse temporairement l’intégralité du salaire et ce, même durant les périodes où le salarié est incapable de travailler par suite d’accident ou de maladie, doit acquitter les cotisations uniquement sur la partie du salaire qui complète les prestations d’assurance. Il en est de même lorsque l’employeur calcule le complément de manière que le salarié ne perçoive pas un salaire supérieur à celui qui lui est versé lorsqu’il travaille. 
Le salaire versé pendant un éventuel délai d’attente est également intégralement soumis à cotisations sociales.

Pour le salarié

Une personne salariée qui perçoit des indemnités journalières perte de gain maladie pendant une durée conséquente, sans complément soumis à l’AVS versé par l’employeur, peut voir sa situation en matière de sécurité sociale péjorée, puisque son revenu soumis à cotisations sociales pendant une certaine période est revu à la baisse, voir réduit à zéro.

En outre, rappelons que si une telle situation se prolonge et que le travailleur est domicilié en Suisse, il n’est pas exclu qu’il soit considéré, bien que toujours sous contrat de travail, comme une personne sans activité lucrative, qui doit alors, le cas échéant, cotiser à ce titre à l’AVS de manière obligatoire (à moins que son conjoint/partenaire enregistré travaille et que le travailleur malade soit alors couvert par les cotisations de son conjoint). C’est à la personne concernée de procéder à cette vérification auprès de sa caisse AVS, et, le cas échéant, au paiement de ses cotisations personnelles de personne non active. Le délai pour rattraper d’éventuelles années de cotisations manquantes est de 5 ans. Au-delà, il n'est plus possible de remédier à la situation et la future rente AVS présentera alors des lacunes pouvant avoir une incidence sur son montant.

Que se passe-t-il si l’employeur déclare ces indemnités comme du salaire à la Caisse AVS?

Comme indiqué ci-dessus, cette pratique est illégale. La Caisse AVS qui s’en rend compte, notamment dans le cadre d’un contrôle AVS, doit restituer à l’employeur les cotisations versées à tort à la Caisse AVS, à charge pour ce dernier de reverser à l’employé la part employé des cotisations. L’employeur ne peut pas, dans la mesure où la loi prévoit le contraire, soumettre à cotisations des indemnités journalières qui ne le sont pas, la volonté alléguée d’améliorer la situation de l’employé (notamment en vue de sa rente AVS) ne permettant pas de faire fi du système légal en vigueur.

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